ミナミヌマエビについて、日本の南（おおよそ関東より西）側の地方で生息しているエビですから、そのなの通りミナミヌマエビといった名称がついているのだと思いますが、当然、海外でも同じようなエビが自然界に繁殖しています。
日本に近い、関東より西側の気候に近い国といえば、朝鮮半島、中国大陸などですね。
元々は、大陸は一つだったわけですし、ミナミヌマエビが一体いつ頃地球上に誕生してきたのか分かりませんが、日本固有種であるミナミヌマエビと、それ以外の海外のミナミヌマエビの違いを知りたいと考える人がいてもおかしくはありません。
できれば、日本で飼育するのであれば、純国産のミナミヌマエビの飼育をしてみたいわけですし、中国原産、朝鮮半島原産のエビをミナミヌマエビと思って飼育したくないと考えてしまうわけです。
そのため、日本原産のミナミヌマエビとそれ以外のミナミヌマエビのようなエビの見分け方を必死で調べたり、その違いを考えたりするのですが、残念ながら見た目で判断するのは大変難しい話です。
ミナミヌマエビというのは、見た目の構造が極端に変わるようなエビではありませんし、日本原産であっても、その地域により個体差があるでしょうし、同じような地域で繁殖しているミナミヌマエビですら、個体差というものが確実に存在しています。
実際にミナミヌマエビを大量繁殖させている人であればわかると思いますが、いろいろ異なる個体が多数生まれてきていて、全く同じ特徴を持った個体というのは、殆ど見ることはできません。
そのため、見た目でそのミナミヌマエビが、日本原産なのかそれ以外なのかを判断する事は容易ではありませんし、間違った認識で判別するくらいなら、最初からそのようなことを考えない方が良いくらいです。
例えば、模様が違うとか、大きさが違うとか、ヒゲの長さが違うとか、行動パターンが違うと言っても、それだけで、どこで生まれ育ったミナミヌマエビなのかを、その個体の祖先に該当するまで、逆算して確実に特定するのは不可能です。
海外から持ち込まれたミナミヌマエビの亜種であれば、当然日本原産のミナミヌマエビと交配して大量に子孫を残すことができるでしょうし、日本の自然界の河川でも大量繁殖することが可能です。
これまでに、海外からどれくらいのミナミヌマエビの亜種が日本に輸入されていて、どのような分布で配布されて、どのように利用されているのか分かりませんが、すでに日本のミナミヌマエビと交配しているのであれば、見た目でその子孫を判断することはできません。
ですから、ミナミヌマエビに関しては、その辺の河川で捕獲したものは、日本原産という認識で良いですし、ペットショップで売られているものも日本原産でよろしいのではないでしょうか？
だいたい、ミナミヌマエビ自体、海外から大量に輸入するくらいなら、日本の河川で捕獲した方が安くつくくらいの商業的価値しかないエビですから、ブラックタイガーなどの商業的な価値があるエビのような扱いをするメリットもあまりないかと思われます。
ただ、本気でミナミヌマエビが日本原産の個体なのかを調べる方法がないわけではありません。
唯一の鑑定方法はDNA鑑定のみ。
ミナミヌマエビの見た目がどうであるとか、行動パターンがどうであるとかについては、完全に主観的な要素になりますから、それで原産地を確実に特定することはできません。
現在はDNA鑑定という方法で、確実に対象とする生体の固有情報が特定できますから、それを使えば、ミナミヌマエビのDNAを測定して個体識別を行うことが可能になります。
しかし、DNA鑑定というのは相当な費用がかかる上に、すでにミナミヌマエビのDNAデータサンプルの分布が分かっていれば、それを利用すれば良いのですが、おそらくそのようなデータはなかなかないかと思います。
メダカでしたら研究対象として、地域ごとのメダカのDNAを測定したデータがあり、日本のメダカの固有種のパターンなども研究されてきてかなり判明している部分があります。
確か、世田谷？近辺の固有種であるメダカは絶滅したと言われていたのですが、あるご自宅の池でひっそりとDNAを保存しながら生き抜いていたのが確認されていたのが以前ニュースになりました。
生体のDNA鑑定を始めると、相当な費用がかかるのと、それなりの時間、研究員などの手配も必要になりますから、確実な方法とはいえ、現実的ではないようです。
ミナミヌマエビについては、見た目でミナミヌマエビと判断できるのであれば、その個体を大事に育てていくのが、一番良いかと思います。